Biyoinformatiğe Giriş

Biyolojik verinin (DNA, protein) bilgisayarla nasıl okunduğu, saklandığı ve analiz edildiği — sıfırdan orta düzeye, iki bölüm.

1. 1Biyoinformatik Nedir?
2. Dinleme var — dinlemek için giriş yap
3. 2Yaşamın Bilgisi: DNA, RNA, Protein
4. 3Veriye Dönüşen Diziler
5. 4Biyoinformatik Ne İşe Yarar?
6. 5Pekiştirme: Bilinmeyen Bir Gen
7. 6Bölüm 1 Sonu Sınavı
8. 7Dizileme: DNA'yı Okumak
9. 8Genom Montajı
10. 9Hizalamanın İçi: Skor ve Boşluk
11. 10-omik Bilimler
12. 11Pekiştirme: Yeni Bir Bakteri Genomu
13. 12Bölüm 2 Sonu Sınavı
14. 13Hizalama Algoritmaları
15. 14Dizi Motifleri ve Domainler
16. 15Yapısal Biyoinformatik
17. 16Pekiştirme: Bir Proteini Çözmek
18. 17Bölüm 3 Sonu Sınavı
19. 18Genetik Kod ve Gen Tahmini
20. 19Varyantlar: SNP ve Mutasyonlar
21. 20Gen İfadesi ve RNA-Seq
22. 21Filogenetik: Evrim Ağaçları
23. 22Pekiştirme: Bir Varyanttan İşleve
24. 23Bölüm 4 Sonu Sınavı
25. 24Verinin Yaşam Döngüsü: Dört Format Bir Sistem
26. 25Diziyi Saklamak: FASTA Formatı
27. 26Ham Okumalar ve Kalite: FASTQ ve Phred
28. 27Hizalanmış Okumalar: SAM ve BAM
29. 28Varyantları Kaydetmek: VCF Formatı
30. 29Benzerlik Aramayı Yorumlamak: Özdeşlik ve e-değeri
31. 30Pekiştirme: Ham Veriden Sonuca
32. 31Bölüm 5 Sonu Sınavı
33. 32GC İçeriği: Dizinin Parmak İzi
34. 33Ters Tümleyen: Diğer İpliği Bulmak
35. 34Örüntü Arama: Restriksiyon Bölgeleri
36. 35CRISPR Hedef Tasarımı: PAM Bulmak
37. 36Pekiştirme: Bir Diziyi Eline Al
38. 37Bölüm 6 Sonu Sınavı
39. 38Gizli Mesajı Ara: Sık Geçen k-mer'ler
40. 39Skew ile Replikasyon Başlangıcını (ori) Bulmak
41. 40Yaklaşık Eşleşme: Hamming Mesafesi
42. 41Motif Bulma: Konsensüs ve Profil
43. 42Algoritmalar Nasıl Düşünür: Paradigmalar
44. 43Pekiştirme: Bir ori'yi Bul
45. 44Bölüm 7 Sonu Sınavı
46. 45Fonksiyonel Anotasyon: Geni Bulduk, Ne Yapıyor?
47. 46Ontolojiler ve Yolaklar: GO ve KEGG
48. 47Tek Hücre Dizileme: Çözünürlük Devrimi
49. 48Metagenomik: Görünmeyen Dünyayı Dizilemek
50. 49Biyoloji Buluşuyor Yapay Zekâ: ML ve AlphaFold
51. 50Pekiştirme: Bilinmeyen Bir Genden Sisteme
52. 51Bölüm 8 Sonu Sınavı
53. 52Genomu Birleştirmek: Gazete Problemi
54. 53Overlap Grafı: Örtüşmeleri Bağla
55. 54de Bruijn Grafı: k-mer'i Kenara Çevir
56. 55Königsberg'in Köprüleri ve Euler Yolu
57. 56Read-Pairs: Tekrarları Çözmek
58. 57Gerçek Veri: Montaj Neden Hâlâ Zor?
59. 58Pekiştirme: Bir Genomu Birleştir
60. 59Bölüm 9 Sonu Sınavı
61. 60Merkezi Dogmayı Atlayan Antibiyotikler
62. 61Kütle Spektrometresi: Parçala ve Tart
63. 62Kütlelerden Peptit: Aday Üret ve Ele
64. 63Gerçek Spektrumlar: Gürültü, Skor, Liderlik
65. 64Pekiştirme: Bir Antibiyotiği Diz
66. 65Bölüm 10 Sonu Sınavı
67. 66Graflara Giriş: Nokta, Bağlantı, Yol
68. 67Kolay ve Zor Problemler
69. 68Eulerian Yolu Nasıl Buluruz?
70. 69Teorik Spektrumu Adım Adım Üret
71. 70Branch-and-Bound'u Çalıştır
72. 71Liderlik Tablosunu Buda
73. 72Pekiştirme: Algoritmayı Elde Kullan
74. 73Bölüm 11 Sonu Sınavı
75. 74Dizileri Karşılaştırmak: Hamming'den Hizalamaya
76. 75Hizalama Oyunu: Eşleşme, Uyumsuzluk, Boşluk
77. 76Para Üstü Problemi: Dinamik Programlamaya Giriş
78. 77Manhattan Turist Problemi: Izgarada En Uzun Yol
79. 78Hizalama = Kılık Değiştirmiş Manhattan (LCS)
80. 79Dinamik Programlamayla En Uzun Yolu Hesapla
81. 80Geri İzleme: En İyi Hizalamayı Geri Kur
82. 81Pekiştirme: Bir Hizalamayı Elde Kur
83. 82Bölüm 12 Sonu Sınavı
84. 83Skorlama: İyi Hizalama Ne Demek?
85. 84Global Hizalama: Baştan Sona (Needleman-Wunsch)
86. 85Yerel Hizalama: En Benzer Bölge (Smith-Waterman)
87. 86Düzenleme Mesafesi: En Az İşlemle Çevir
88. 87Fitting ve Overlap: Aynı Makine, Farklı Serbest Kenar
89. 88Pekiştirme: Tek Makine, Çok Yüz
90. 89Bölüm 13 Sonu Sınavı
91. 90Affine Boşluk Cezası: Açılış ve Uzatma
92. 91Affine'ı Kurmak: Üç Katmanlı Graf
93. 92Bellek Sorunu: Devasa Matrisi Tek Sütuna İndir
94. 93Böl ve Yönet: Doğrusal Bellekte Hizalama
95. 94Çoklu Dizi Hizalama: Çok Boyutlu Manhattan
96. 95Çoklu Hizalama Neden Zor? Aşamalı Çözüm
97. 96Pekiştirme: Hizalamayı Gerçeğe Yaklaştırmak
98. 97Bölüm 14 Sonu Sınavı
99. 98Fareyle İnsan: Genomların Yeniden Düzenlenmesi
100. 99İşaretli Permütasyon ve Tersine Çevirme
101. 100Tersine Çevirmelere Göre Sıralama (Occam)
102. 101Açgözlü Sıralama (GreedySorting)
103. 102Kesme Noktaları: Komşuluk ve Breakpoint
104. 103Kesme Noktası Teoremi: d_rev ≥ b/2
105. 104Rastgele Kırılma Modeli: Hotspot Var mı?
106. 105Çok Kromozomlu: Translokasyon, Füzyon, Fisyon
107. 106Pekiştirme: Genomların Evrimi
108. 107Bölüm 15 Sonu Sınavı
109. 1082-Kırılma: Tüm Yeniden Düzenlemelerin Ortak Dili
110. 109Kesme Noktası Grafiği: İki Genomu Üst Üste Bindir
111. 1102-Kırılma Mesafesi Teoremi: Bloklar − Döngüler
112. 111İnsan Genomunda Sıcak Noktalar: Modeli Çürütmek
113. 112Sentezi Bloklarını Kurmak: Nokta Grafiği ve k-mer
114. 113Pekiştirme: Modül 5 Kapanışı
115. 114Bölüm 16 Sonu Sınavı